Где я? ZANOZA.LVдаугавпилсская жизньgordon → Асимметрия и возникновение жизни �

Сначала нужно залогиниться или зарегистрироваться.

gordon: Асимметрия и возникновение жизни �

12.11.2003 12:37, 102 месяца назад

Участники:

  • Аветисов Владик Аванесович– доктор физико-математических наук.
  • Костяновский Рэм Григорьевич– доктор химических наук.

Александр Гордон: Доброй ночи! Опять и опять об одной из самых интригующих, волнующих и неразрешимых тем пока – происхождении жизни, но на сей раз-то с другой немножко точки зрения, чем это было прежде в наших передачах. Сегодня мы поговорим о том, что такое симметрия в живом и неживом, и почему её нарушение может привести к тому, что мы называем "феноменом жизни"? Правильно я всё сказал?Владик Аветисов: Да, конечно.А.Г. Итак, пожалуйста, кто начнет?Рэм Костяновский: Начнем с общеизвестной талидомидной трагедии, потому что финал этой страшной истории, видимо, мало кому известен.

С 1957 года по 1962 год во многих странах Западной Европы, Канады, Бразилии, Японии и Австралии родились десятки тысяч детей с пороками развития костных тканей, вплоть до полного их отсутствия. Тщательное расследование причин привело к препарату одной немецкой фирмы, который широко распространился в мире и использовался беременными женщинами как успокоительное и мягкое снотворное. Но лишь 17 лет спустя удалось показать, что дело было в действующем начале этого препарата имид талоилглютаминовой кислоты, в хиральном соединении, которое было разделено на энантиамеры, на зеркальные антиподы. Испытание этих антиподов показало, что только левый антипод вызывает эти страшные уродства, тогда как правый является совершенно безопасным лекарственным средством. Многие органические соединения, хиральные органические соединения подобного типа, энантиамеры этих соединений, скажем, душистые вещества, обладают совершенно различным запахом и разным вкусом. Это заметил ещё Пастер, когда на заседании французской Академии наук, обсуждая открытие левого и правого аспарагина, высказал идею о том, что это различие восприятия обусловлено диссимметрией живых тканей – рецепторов, с нынешних позиций. В исследованиях хиральных соединений, которые характеризуются несовместимостью со своим зеркальным отражением (это и есть зеркальные изомеры) выяснилось постепенно, что живая природа построена именно на основе этого строительного материала. То есть только одна зеркальная форма используется ею как строительный материал.В.А. Да, это действительно одна из самых захватывающих проблем. Зеркальная симметрия, это, конечно, только один из типов симметрии, симметрий может быть много. Но факт нарушения зеркальной симметрии, пожалуй, интересовал человека всегда гораздо больше, чем факт нарушения какой-либо другой симметрии.

Давайте всё-таки обратимся к тому, в чём состоит феномен нарушенной зеркальной симметрии биоорганического мира. Что мы об этом знаем сейчас, спустя 150 лет после Пастера? Мы знаем, что очень многие органические соединения, из которых построено живое, на самом деле являются соединениями хиральными, то есть соединениями, которые могут существовать в виде двух зеркально антиподных форм. Слово "хиральность" от греческого слова "хеир" – "рука", "ручность", как две руки, левая и правая. Но ведь отразить в зеркале можно всё, что угодно. Особенность тут состоит в том, что отраженный предмет невозможно совместить с исходным. Вот если вы не можете отраженный в зеркале предмет совместить с исходным, вот такой объект называется хиральным. Если можете, то он ахиральный. А.Г. А что значит "совместить" в данном случае?В.А. Это означает, как сказал лорд Кельвин, определяя хиральность, совместить путем непрерывного перемещения в пространстве. Р.К. До полного слияния.В.А. Да, совершить полное слияние. Итак, мы знаем, что многие биоорганические соединения хиральны. Это первое. Второе. Мы видим и знаем, что из двух возможных зеркальных антиподов этих хиральных соединений в живой природе, в структуре клеток используется только один. И пример с талидомидом как раз говорит о том, насколько опасно использовать другой.

Что мы ещё знаем? Мы знаем, что на самом деле у нас нет единообразия в зеркальных изомерах каких-то веществ – в целом. Например, если мы возьмем какое-либо соединение в клетке одного организма, то в клетке другого организма, микроба, например, это соединение может быть в другой форме. Но оно обязательно будет в определенной форме. Но что мы знаем, так это то, что все аминокислоты, которые входят в состав функциональных белков, это только левые аминокислоты. Таким образом, белок – это есть полимерная такая цепочка, сделанная только и только из левых аминокислот. По крайней мере, мы не обнаружили ни одного функционального белка, в котором была бы хотя бы одна правая аминокислота.

Полипептиды с правыми аминокислотами есть, например, нейропептиды и так далее, но это не функциональные белки. То есть организмы используют противоположную аминокислоту для строения, для разных функций. Но белки собраны только из левых аминокислот. Поразительным является ещё тот факт, что РНК и ДНК собраны только из правых сахаров. При этом надо заметить, что левые аминокислоты и правые сахара – это не есть зеркальные антиподы. Так просто сложилось, что одни стали называть левыми, а другие стали называть правыми, вот, собственно, и всё.

Таким образом получается, что, во-первых, у нас эти цепочки самых важных молекул в жизни – белков и аминокислот – собраны только из кирпичиков одного типа хиральности. Это называется свойством гомохиральности, гомохиральные полимеры. И во-вторых, мы нигде не встречали каких-либо признаков жизни с противоположным строением. То есть, мы нигде не встречали белки, пусть гомохиральные, но собранные из правых аминокислот. Или РНК, или ДНК, тоже пусть гомохиральные, но собранные из левых сахаров.

Почему это должно поражать наше воображение? Потому что есть всё-таки какие-то фундаментальные законы и фундаментальные представления, которыми мы пользуемся в обычной жизни. А эти представления говорят буквально о следующем. Что ответственным за все химические превращения является электромагнитное взаимодействие. А электромагнитное взаимодействие сохраняет зеркальную симметрию. Именно поэтому зеркальные антиподы – левая и правая молекула – в химических реакциях проявляет себя одинаково. Спрашивается, каким же образом в мире, который управляется симметричными силами или симметричными взаимодействиями, могло возникнуть полное нарушение симметрии? Вот это и есть та загадка, над которой бьется уже, по крайней мере, 150 лет множество ученых.

Конечно, для того чтобы поговорить об этом, о том, каковы взгляды на эту проблему, мы должны перейти (если мы говорим об эволюционном аспекте этой проблемы) к некоему эволюционному сценарию. На самом деле, сейчас не так важно для нас, каков конкретный сценарий. Мы понимаем, что как бы мы ни рассматривали эволюцию Вселенной или эволюцию на Земле, у нас, безусловно, возникает некий химический мир. А раз возникает химический мир, то он должен быть симметричным. Предположим, что у нас есть некий этап, на котором возник симметричный химический мир. Пусть далее в результате каких-то причин этот симметричный мир оказался асимметричным, то есть произошло нарушение симметрии. И возник какой-то асимметричный, но тоже химический мир. И пусть далее в этом уже асимметричном химическом мире каким-то образом (каким, пока мы не знаем) возникли сложные структуры, похожие на белки РНК и ДНК, и зародилась жизнь. Тогда, если мы представляем себе такую логику развития событий, мы должны задать, по крайней мере, два вопроса. Вопрос первый: а возможно ли нарушение зеркальной симметрии в ходе естественных природных процессов? И вопрос второй: а возможна ли сборка сложных структур, пусть даже в асимметричном хиральном мире? Вот об этих двух вопросах – с точки зрения хиральной упорядоченности и хиральной специфики живого материала – мы и поговорим.

Первый вопрос, понятно, это вопрос о химии. И поэтому, я думаю, здесь никто лучше Рэма Костяновского этот вопрос не прокомментирует. Какова история развития этого вопроса?Р.К. Он восходит к Пастеру. Луи Пастер, будучи молодым ученым, 25 лет отроду, сделал фундаментальное открытие, о котором я сейчас расскажу. Но прежде всего, надо взглянуть на то состояние духа во Франции, в котором он воспитывался, жил и учился.

На знаменах французской науки в то время были написаны яркие слова. Первое, что кристаллография – это наука всех наук. И интенсивно развивались идеи геометризма. То есть, что по форме кристалла можно определить форму молекул, входящих в него. Эти две идеи были впитаны им и, естественно, привели к тем открытиям, которые он сделал. Он интенсивно изучал форму оптически активных кристаллов, энантиамерно чистых веществ и рацематов, то есть эквивалентной смеси энантиамеров или антиподов, изучал свойства этих кристаллов.

Одним из объектов была винная кислота – продукт, образующийся при сбраживании виноградного сока. Соль именно этой кислоты выпадает в чанах и бочках в процессе виноделия и носит название "тартар". "Тартарик эйсид", то есть "винная кислота" происходит именно от этого слова.В.А. То есть решалась совершенно банальная проблема виноделия – как сделать бочки чистыми.Р.К. Великий шведский химик Шееле установил строение этого соединения – это хиральное соединение. Тогда имели лишь одну оптически активную форму. И случай способствовал тому, что на одной из маленьких винодельческих фабрик рабочий перегрел этот осадок и получил совершенно новое вещество, по составу тождественное той самой тартарной кислоте, но не обладающее характерной для неё оптической активностью. То есть это был уже рацемат ("рацемус" – "виноград", отсюда "виноградная кислота"), эта рацемическая винная кислота состоит из равного количества левых и правых молекул.

И уже прямо перед Пастером немецкий кристаллограф Митчерлих сообщил о сенсационном открытии, о том, что он обнаружил абсолютное сходство кристаллов рацемической винной кислоты и оптически активной, природной. И их одинаковую плотность. Это сразу было обсуждено на заседании французской Академии наук, и Пастер буквально зажегся целью выяснить, в чем тут дело. Он исследовал снова эти кристаллы. И ему удалось обнаружить скошенную грань на кристаллах рацемической соли, натрий-аммониевой соли. И это зеркально противоположная скошенная грань наблюдалась и на других кристаллах.

И вот тут его осенила догадка – это смесь оптически активных кристаллов той самой природной винной кислоты и её антипода, и их надо было просто разделить. И вот он разделил кристаллы с левым и правым скосом и получил, что знак оптической активности одних кристаллов – левый, других – правый. Вот так состоялось это открытие. Что оно означает?

Оно означает принципиальную возможность спонтанного нарушения симметрии. То есть на уровне монокристаллов это возможно. Вот что доказал Пастер.

В том же самом 1848 году он демонстрировал этот эксперимент своему учителю Био, который тщательно своими руками проверял оптическую активность, форму кристаллов, чтобы убедиться в том, что это не ошибка. И доложил об этом успехе на заседании французской Академии наук, которая в то время тщательно следила за все новыми находками.

Удивительно, что в том же самом году, в той же самой Франции, в Париже, математик Браве, который ничего не знал об экспериментах Пастера, путем чистого математического расчета обнаружил строгое количество возможных кристаллических решеток. Решетки Браве существуют до сих пор в кристаллографии.

И завершил теорию кристаллографии наш русский ученый Федоров. В 1890-м году он открыл, что существует 230 и только 230 способов идеального заполнения пространства. В.А. Здесь имеется в виду плотная упаковка – "идеальное заполнение пространства".Р.К. Он вывел это чисто теоретически. Что есть только 230, как он называл, способов создания пространства. И среди этих 230 групп – 65 хиральных.В.А. А что значит "хиральные группы"? Это не вполне понятно.Р.К. То есть этот кристалл строится только из молекул одной хиральности.В.А. То есть сам кристалл обладает свойством зеркальной диссимметрии, существует две формы кристалла, несовместимые одна с другой, левая форма и правая. По-видимому, это то, что наблюдал Пастер в своём эксперименте, когда он разделил на левое и правое.Р.К. То есть независимо, чисто теоретически, математика пришла к неизбежности такого фундаментального явления. Таким образом завершилось абсолютное доказательство возможности спонтанного нарушения симметрии -предопределенное, просто предопределенное. Таким образом, возникновение жизни уже предопределено.А.Г. Но все-таки хотелось бы понять, каковы должны быть условия для этого спонтанного разделения.Р.К. Вещество должно кристаллизоваться в одной из этих 65-ти хиральных пространственных групп. Поначалу считалось, что случай, который наблюдал Пастер – это исключительный случай, редкий случай. Но к 1994 году список таких соединений насчитывал уже 250. И в нашей лаборатории только за 5 лет было открыто ещё 50 таких соединений. В.А. Взрывное развитие.Р.К. Я вижу в массе работ, которые публикуют, почти в каждом журнале, новое соединение, которое может подвергаться спонтанному разделению. То есть образовывать так называемый конгломерат, смесь гомохиральных кристаллов. В.А. Вот что самое главное. Не нарушается симметрия спонтанно. То есть на самом деле происходит, конечно, распад симметричной смеси в результате кристаллизации на кристаллы левые и правые. Но это по-прежнему симметричная смесь кристаллов, то есть они присутствуют в равном количестве. Поэтому кристаллизация сама по себе (то есть спонтанное нарушение симметрии в целом, в больших объемах) не приводит к нарушению симметрии. Да, происходит разделение фаз, но к нарушению симметрии это не приводит. Локально, если вы возьмете маленький объемчик кристалла, конечно, в нём происходит некое, как вы можете сказать, нарушение симметрии. Но реально по множеству кристаллов симметрия у вас сохраняется.

Так что здесь электромагнитное взаимодействие продолжает оставаться симметричным. И нет никакого нарушения. Но вот есть же эксперименты, где выращивается один кристалл?Р.К. Владик, извините. Но вот ровно к 150-летию открытия Пастера я посмотрел на соль Пастера и пришел к очень простому следствию. Сама винная кислота кристаллизуется как рацемат, то есть в кристалл входит левая и правая молекула. Её натриевая соль – то же самое, аммониевая соль – то же самое. Но натрий-аммониевая соль, которая кристаллизуется в виде тетрагидрата, образует конгломерат, то есть гомохиральный кристалл.

Я просто назвал эти натрий-аммоний ионы и четыре молекулы воды -конгломераторами. То есть они определяют способность кристаллизоваться в виде конгломерата. И это был алгоритм. Отсюда сразу следовало: если я возьму недостаток конгломератора, то это не будет приводить (после того как первый кристалл образовался) к перенасыщению маточного раствора по второму энантиомеру. И я действительно получаю весь оптически активный осадок таким простым способом. В.А. Это так, как сделал Хавинга?Р.К. Стоп. Хавинга сделал ещё похлеще. Это тоже следствие открытия Пастера. Если соединение кристаллизуется в виде гомохирального кристалла, а образование полностью рацемического осадка, о котором вы говорили, связано с перенасыщением по второму энантиомеру. Он говорит: а если я найду способ рацемизации соединения в растворе... В.А. То есть превращение левого в правого.Р.К. Чтобы не было перенасыщения по противоположному энантиомеру, я могу осуществить полный переход рацемата в один энантиамер...В.А. То есть вырастить один кристалл.Р.К. И он это сделал. В 39 году написаны его первые работы – в редком голландском журнале, на голландском языке, и были поэтому недоступны. Потом началась Вторая мировая война, она перебила все его эксперименты. В 54 году только он издал их на английском языке.В.А. То есть удивительно вот что. Вообще получается так, что если, скажем, выпадение левых и правых кристаллов – это локальное нарушение симметрии, но симметрия при этом в целом остается, потому что у нас равное количество левых и правых изомеров, то, ничего не делая специально и не выходя за пределы химии, я могу сделать так, что у меня в колбе или в каком-то объеме вырастет полностью только один кристалл. А как же так? А как же электромагнитное взаимодействие? А как же симметрия?А.Г. Куда денется та его часть, которой нет?В.А. Да, её же уже нет. Мы же уже превратили весь объем. А как же с электромагнитным взаимодействием?Р.К. Дело в том, что, повторяя эксперимент, я с такой же вероятностью получу противоположный результат.В.А. Вот. Если теперь я буду повторять эксперимент, то с точно такой же вероятностью у меня будет вырастать либо большой правый кристалл, либо левый кристалл. И так далее. Так что симметрия по-прежнему сохраняется.Р.К. И эти эксперименты неоднократно проводились. Проводились на нескольких тысячах измерениях оптической активности нескольких тысяч кристаллов. И получалось примерно равновероятно. Но, если это провести на миллиарде измерений, может быть, мы найдем статистически достоверную разницу. Но длительность такого эксперимента, пусть даже только минута тратится на измерение, это несколько веков, это слишком длинный эксперимент. А.Г. Давайте считать, что мы ответили на первый вопрос, и будем двигаться дальше. То есть, возможны в определенном объеме спонтанные образования гомохиральных соединений. В.А. Да, я хотел бы только здесь отметить ещё один цикл работ, который обозначил эту же проблему о спонтанном нарушении симметрии немножко по-другому. Об этом нужно сказать обязательно. Потому что кристаллизация – это всё-таки некоторый специальный процесс. Представить себе, что кристаллизация явилась, в действительности, тем самым процессом, который решил проблему нарушения симметрии на ранних стадиях предбиологической эволюции – это представляется несколько легкомысленным.А.Г. То есть это просто модель...В.А. Это модель процесса. А каков процесс? А процесс на самом деле связан с нелинейными химическими процессами. То есть теперь уже речь может идти об огромных ареалах (геохимических, например) разного масштаба, в которых естественным образом может возникать и эволюционировать глобальная химическая среда. И различные процессы, протекающие в таких масштабах, процессы превращения, образования хиральных органических соединений, они могут подчиняться таким уравнениям, которые приводят к неустойчивости рацемического или симметричного состояния. И тогда симметрия нарушается уже во всём этом ареале глобально, именно так, как это происходило в эксперименте Хавинга, не в смысле кристаллизации, а в смысле некоего образа кристалла.

Здесь, конечно, нужно обязательно сказать о том, что эти работы были сделаны нашими учеными – Леонидом Морозовым и Владимиром Кузьминым. И очень долгое время эти работы опекал и вёл Виталий Иосифович Гольданский. Это целая эпоха в этом направлении, которая занимала время примерно с середины 70-х годов и практически до 90-х годов.

И вот теперь я хотел бы вернуться к нашей схеме, к нашей эволюционной модели. Кажется вполне естественным, что с первым вопросом мы как-то разобрались. Мы теперь можем считать, что этого вопроса, вообще говоря, нет. Мы представим на суд множество разных экспериментов, подтверждающих то, как симметрия может нарушаться в маленьких или в больших ареалах.

И теперь второй вопрос. Можем ли мы теперь от асимметричной среды перейти к достаточно сложным структурам? Для того чтобы теперь попробовать ответить на второй вопрос, а именно: можем ли мы создать гомохиральные последовательности, гомохиральные полимерные цепи, уже имея среду с нарушенной симметрией? Для этого, конечно, нужно каким-то образом предложить простые критерии перехода. Мы же что-то должны сохранить в этом переходе. Мы должны в этом переходе следовать какому-то признаку. Ну, например, признаку репликации. Давайте попробуем понять, можем ли мы каким-то образом эволюционировать от асимметричной среды к сложным структурам, во-первых, создав такие системы, которые могли бы реплицироваться. А во-вторых, создав условия для эволюции таких систем.Р.К. Вадик, извините. Такие системы созданы уже. Простейшие молекулярные системы, способные к саморепликации уже есть, это работы...В.А. Типичный взгляд химика – "проблем нет, химия всё может". Это работы Ребека?Р.К. Да, работы Джулиуса Ребека.В.А. Да я прекрасно знаю об этих работах. Это вообще остроумнейшая вещь. Ребек, как бы комментируя дискуссию о том, что репликация – это свойство исключительно биологических систем... Ну, это вообще блестящий химик, разумеется. Химия сейчас – это вообще архитектура молекулярного уровня. Он построил систему, которая действует как "инь" и "янь". Она вообще выглядит как "инь" и "янь", как этот знаменитый знак – две запятые, вложенные одна в другую. И он сделал две такие молекулы, причем "янь" собиралась на "инь", а уже потом они распадались, и на каждой из этих двух половинок собиралась соответствующая комплементарная половинка. Обратите внимание, здесь он использовал один принцип, который взял из биологии – принцип комплементарного соответствия, как это происходит, например, в двойной спирали ДНК.Р.К. Кстати, использовал аналоги. Вот он, этот аналог нуклеотида.В.А. И более того, нужно сказать, что у него-то вообще процесс репликации шел только тогда, когда все нужные компоненты способны собираться таким инь-яновским способом – все компоненты были хирально чистые, в среде не было никакой грязи. А среда была оптически активной.

Но что он показал? Он показал, что молекулярные структуры могут быть достаточно простыми, и, тем не менее, они могут обладать свойством репликации. Миф о том, что репликация есть свойство исключительно биологии, был немедленно разрушен.Р.К. Но их же можно сколь угодно долго усложнять.В.А. Конечно. Сколь угодно много, и сколь угодно сильно. Ну что, мы решили проблему возникновения жизни? Давайте все-таки посмотрим на это аккуратнее.

Следующий шаг (на самом деле, всё это примерно совпадало по времени) был сделан Оргелом и Джейсом – американскими учеными, которые, вообще говоря, сделали довольно хитрую и тонкую вещь. Они в точности использовали принцип копирования двойных спиралей РНК, комплементарного спаривания, но показали, что этот процесс сборки репличной нити на подложке типа РНК или ДНК может идти без ферментов, что было чрезвычайно важно. Потому что, конечно, когда у вас есть и ферменты (то есть белки), когда есть у вас РНК и ДНК, и всё это ещё собрано в клетки, и всё это функционирует, тогда, конечно, это будет реплицироваться, мы и так это знаем. А всё дело вот в чем: а как же сделать такие системы, где нет ферментов, где нет белков, но, тем не менее, могут возникнуть сложные структуры? Вот в чем проблема. И Оргел и Джейс показали, что на такой гребенке за счет комплементарного спаривания образуется вторая нитка. Прекрасно. Но опять у них выходило одно жесткое условие: то, из чего они должны были собирать, то есть среда, в которой плавали все нужные компоненты для сборки этой второй нити, она должна была быть оптически чистой, она должна быть абсолютно хирально чистой. Любое появление грязи, то есть энантиамерного антипода противоположного знака немедленно блокировало самосборку такой цепи. Казалось бы, тупик.

Но спустя некоторое время, буквально спустя годы, Эшенмоузер – швейцарский химик – сделал ещё одну очень интересную работу, в которой показал, что, используя комплементарность, "степ бай степ", то есть путем такого спаривания – "это сюда, а это сюда, а это сюда", и так далее, – можно собирать достаточно длинные цепочки. И это уже было сенсацией. Мало того, он показал, что сборка идет столь селективно, что, вообще говоря, и не требуется условие сильного нарушения асимметрии. Достаточно, чтобы были нужные элементы...Р.К. И небольшое обогащение.В.А. Да, маленькое обогащение, вполне способное проявиться за счет каких-то естественных процессов. Р.К. И о которых как раз вы говорили, что их не хватает.В.А. Да. Хорошо. Так что же получается? Всё, опять проблема решена? Теперь мы выстраиваем таким образом достаточно длинные цепочки, они складываются в такие специальные структуры, РНК или ДНК (остановимся, например, на концепции эволюции РНК-мира) – и всё. Дальше мы попадаем в область эволюции совершенно других структур и других правил. Мы проскочили барьер от неживой химии к живой.

Но нет. И тут возникает проблема. А какая проблема? А проблема возникает вот какая. Эшенмоузер собрал примерно 18 звеньев и сказал, что "я могу собирать так сколь угодно много". На самом деле нет. Оказалось, по теоретическим оценкам, что критической является длина порядка 30 единиц. А.Г. Что недостаточно.В.А. Явно недостаточно. Из этих 30 единиц мы никакие специфические – в функциональном смысле – структуры не создадим. А почему критическим оказывается длина порядка 30 единиц? По одной простой причине. По той причине, которая называется "катастрофой ошибок". И вот эта катастрофа ошибок связана со сложностью структур. Мы уже как-то говорили и о парадоксе Левинталя, и о катастрофе ошибок. А всё дело тут вот в чём.

Ведь что такое построить гомохиральную цепочку? Это построить определенную последовательность, например, только из левых молекул. Из очень большого числа всевозможных последовательностей левых и правых молекул, которые можно представить. Оказывается, когда это число становится слишком большим, у вас есть два варианта. Вы должны либо очень точно собирать, либо отказаться от сборки.

Чтобы точно собирать, нужно иметь очень специальные процессы, которые могут обеспечить только такие специфические структуры, как белки, то есть такие процессы, какие мы наблюдаем в биологии. Но если у вас их нет, то тогда у вас только один способ: вы должны держать настолько чистой среду, чтобы в этой среде у вас были только, скажем, левые изомеры, из которых вы строите. А правых было бы исчезающе мало, настолько мало, чтобы вероятность появления неправильного звена была бы очень маленькой. То есть вы специфичность функций заменяете специфичным состоянием среды. А.Г. От чего – не легче. В.А. От чего, конечно, не легче, но, может быть, всё-таки можно сделать это в химии? Посмотрим на все процессы спонтанного нарушения симметрии на уровне химии, то есть зададимся таким вопросом: а можем ли мы такую среду создать на уровне химической эволюции или на каких-то чуть более поздних стадиях эволюции? И выясняется, что нет. Даже механизм спонтанного нарушения симметрии (который приводит к асимметрическому состоянию) требует столь специфичного распознавания левых и правых молекул для создания очень сильной асимметрии, которое возможно только на биологическом уровне.

И вот тут появляется замкнутый круг. С одной стороны, получается, что требование, чтобы у нас возникло нарушение зеркальной симметрии на стадии предбиологии, не помогает нам перейти к строительству сложных структур – мы не можем построить гомохиральные структуры, потому что мы не можем создать такую чистую среду, в которой такие сложные структуры могли бы строиться.

С другой стороны, если, тем не менее, мы найдем какой-то способ, как пройти катастрофу ошибок, как перейти этот барьер, то тогда, как показывают теоретические оценки, нам не важно, в какой среде мы стартуем: в симметричной или в асимметричной. В этом смысле сценарий асимметричной среды для возникновения гомохиральных полимеров вовсе и не нужен. Основная проблема в вопросе возникновения гомохиральных последовательностей, это проблема катастрофы ошибок. И она вообще является проблемой, общей для всей эволюционной концепции, – как пройти катастрофу ошибок.

Но тут, конечно, еще есть вопрос о том, каков выбор знака. Мы же знаем все-таки, что мы состоим из левых аминокислот и правых сахаров. Но мы не знаем, как это получилось. Потому что, чтобы ответить на этот вопрос, нам надо построить теорию предбиологической эволюции. Мы не можем построить эту теорию, потому что мы пока не знаем, как решить проблему катастрофы ошибок.Р.К. Владик, извините, все-таки жизнь-то произошла.В.А. Ну, это да.Р.К. Мы еще не оговорили массу возможных усилительных элементов – и в повышении хиральной чистоты, и возможности появления простых асимметрических катализаторов, которые бы повышали оптическую чистоту среды в узком регионе. Но давайте все-таки немножко пофантазируем.

Человеческая фантазия, которая проникла, казалось бы, повсюду, остановилась вдруг перед дверью хиральности. Я долго искал в искусстве, в живописи, в скульптуре какие-то элементы хиральности. И нашел только два примера. Это картина Тишбайна в галерее во Франкфурте-на-Майне, где Гёте нарисован в двух левых ботинках, картина второй половины ХVIII века. И 3260 лет назад построенная в Долине Цариц гробница царственной жены Рамсеса П Нифертари, у которой, как вы видите, две левые руки.В.А. Обратите внимание: у одной – левая и правая рука, а у другой – только левые.Р.К. У богини Изиды левая и правая руки, а у Нифертари – только левые. Что это, что это такое? Давай все-таки пофантазируем. Что могло определить...В.А. Есть захватывающая история, которая развивалась, по крайней мере, в последние 50 лет в науке в связи с выбором и не случайностью выбора именно левых аминокислот и правых сахаров. Я могу вкратце рассказать об этой истории. Вкратце.А.Г. А я сейчас подумал, что, вообще, любой орнамент – это гомохиральное соединение.В.А. То есть повторять и повторять, это как кристалл.А.Г. Да, да, да. Мало того, часто используется прием как раз разделения гомохиральности – на левую и на правую.В.А. У Эшера этот прием используется очень активно.А.Г. Да в любом орнаменте, по сути.В.А. И в любом орнаменте тоже. А.Г. Интересно. Да, продолжайте, извините.Р.К. Еще мы должны призвать молодых, в возрасте Пастера, заняться этими захватывающими вопросами, которых очень много, чтобы все-таки решить проблему возникновения жизни.В.А. Конечно, проблема возникновения жизни является фундаментальной проблемой. И мне представляется, что она является фундаментальной не столько потому, что есть вызов образованной части человечества, а потому что она постоянно генерирует такие вопросы, которые очень часто приводят науку в замешательство. Именно науку. И наука ищет ответы, внимательно и пристально изучая тот базис, на котором она стоит. Вот это чрезвычайно важно и чрезвычайно интересно.Р.К. И полезно. Способ разделения, спонтанного разделения – это способ получения хиральных лекарств. Это важно, вся мировая фармация перешла на хирально чистые лекарства. Это было инициировано именно той трагедией, с которой я начал. А.Г. Так какова история?В.А. История такова. В 56-м, по-моему, году Миллер и Юри показывают, что органические соединения могут синтезироваться естественным образом. Вообще, с биологией связано очень много мифов. Обратите внимание, 56-й год, это всего 50 лет назад. Доказывалось, что органические соединения могут быть синтезированы естественным образом, что они не являются исключительно продуктами жизнедеятельности. Доказали. Как теперь с асимметрией быть? Происходит открытие: не сохранение четности в бета-распаде. Слабое взаимодействие. Слабое взаимодействие является одним из четырех фундаментальных взаимодействий. Это 4 слона, на котором покоится наша Вселенная.Р.К. Но это слишком слабо. В.А. Тем не менее. Из всех четырех взаимодействий только слабое взаимодействие...Р.К. 10 в минус 17-й степени!В.А. Тем не менее.Р.К. Ну что это такое?!В.А. Тем не менее, только слабое взаимодействие обладает нарушенной зеркальной симметрией. Ну, невозможно, чтобы не появилась гипотеза, которая бы попыталась связать нарушенную зеркальную симметрию слабого взаимодействия с асимметрией живой природы. Катастрофа – там очень слабое взаимодействие. Немедленно встал вопрос: может ли слабое взаимодействие проявить себя на химическом уровне? Оценки показали, что для того чтобы слабое взаимодействие проявило себя на химическом уровне, нужно усилить, условно говоря, величину 10 в минус 17-й степени (это единица, деленная на единицу с 17-ти нулями) нужно увеличить до единицы. Как это сделать?Р.К. И как измерить? В.А. Как измерить? Кстати, первые оценки были сделаны Летоховым. Потом оценки сделал Зельдович. Даже Зельдович занимался проблемой возникновения зеркальной асимметрии. Р.К. Кстати, еще Пастер ведь писал о "диссимметризующих силах", прямо имея в виду Вселенную.В.А. Имея в виду, что есть космические силы, которые, так сказать, диссимметризуют живую природу.Р.К. Ну, так что может быть усилителем слабого взаимодействия?В.А. Идет дискуссия: что может быть усилителем? Ульбрихт предлагает уже в 56-м году простой эксперимент: поляризованный электрон разменивается на циркулярно поляризованное тормозное излучение, а раз оно циркулярно поляризованное, то оно уже будет по-разному взаимодействовать с левыми и правыми молекулами. Это то же самое, как если бы вы левую перчатку, скажем, попытаетесь надеть на две руки: на правую и левую. А она по-разному будет надеваться.

Поставлен был один эксперимент – нулевой результат. Второй эксперимент – нулевой результат. Третий – нулевой результат. Серия экспериментов – нулевые результаты. В некоторых случаях было заявлено, что наблюдали эффект. Перепроверили – не наблюдается эффекта.

Проявляется или не проявляется? Сложилось, конечно, огромное поле самых различных спекуляций – теоретических, в хорошем смысле спекуляций. То есть оценок, догадок и так далее.

В конце концов, остановились на том, что если у вас действительно имеется процесс типа спонтанного нарушения симметрии (это может быть не только кристаллизация, а могут быть нелинейные реакции с критическим поведением, с неустойчивостью симметричного состояния), то тогда вблизи критических условий, то есть там, где зарождается нарушение симметрии, вот в этот момент зарождения нарушения симметрии (то есть потери устойчивости симметричного состояния) оказывается, что слабое взаимодействие становится очень сильным. Само-то оно не становится сильным...А.Г. Понятно, поскольку система выходит из равновесия, достаточно чуть-чуть толкнуть, чтобы...В.А. То есть, это своеобразный фазовый переход в критической точке. Оценки должны были показать – а какая все-таки нужна система, чтобы это прошло? Выяснилось, что система нужна вполне даже геохимическая. То есть, это море, 10 км на 100 км и глубиной, предположим, 300 метров. Прекрасно.А.Г. Вполне отвечает. В.А. Вполне отвечает. Но дальнейший анализ и жесткие дискуссии по этому поводу показали, что в этой критической точке для того, чтобы вы усилили такую слабую асимметрию, вам нужно время, большее времени существования Вселенной.А.Г. Продолжение сразу после рекламы... Пожалуйста.В.А. Да, все-таки, конечно, проблема возникновения жизни – это невероятно интересная, очень интригующая, очень непонятная проблема. Р.К. И тяжелая. В.А. Но тяжелая не по решению, тяжелая по постановке задачи. Вот в чем всё дело.Р.К. Дело в выборе подходов. В.А. Как говорил академик Владимиров (и Виталий Иосифович Гольданский, кстати, говорил то же самое): "Ученые полжизни тратят на постановку задачи. После того как вы поставили задачу, вы испытываете блаженство, купаясь в море четко сформулированной мысли".

В данном случае, конечно, мне представляется, что самая захватывающая часть этой задачи связана с катастрофой ошибок, парадоксом Левинталя, то есть с тем, что мы называем "переходом к непреодолимой сложности". Я, Рэм, хочу пофантазировать... Не пофантазировать, а, в конце концов, поговорить вот на какую тему.

Ведь мы же все прекрасно понимаем, насколько сильно живое отличается от неживого. А в чем, собственно, различие? Репликация? Пожалуйста, повторили на маленьких молекулах. Органические соединения? Пожалуйста, сделали их естественным путем. В чем, тем не менее, это ощущение совершенно непреодолимого конфликта, непреодолимой пропасти? В сложности? Определите, что такое сложность! В уникальности? "Это не может появиться, потому что это не может появиться никогда". Да, мы уже близки к этому. К тому, что перед нами нечто, что само по себе повторить невозможно. Вот это и есть катастрофа ошибок. Это и есть парадокс Левинталя. И мне кажется, это центральная проблема, которая, если будет атакована правильным образом и если будет найден способ решения, тогда только мы сможем сделать хоть какой-то шаг в направлении создания осмысленной теории эволюции. Я думаю, что на решение этих проблем, в химии – тоже, и в физике – тоже, конечно, нужно потратить большие усилия. Я мечтаю создать центр, где бы можно было бы собрать людей...Р.К. Вот кристаллограф Гавеззотти в одном из обзоров построил образ идеальной лаборатории такого типа. Она требует, по его расчетам, три миллиона долларов. И потом по миллиону долларов в год.В.А. Да нет.Р.К. Владик, никуда не денешься.В.А. Нет, это как-то совершенно неправильно. Хотя мы говорим сейчас уже не о науке, а о ее организационной стороне...Р.К. Но ты же поставил задачу уже...В.А. Нет, нет. Наука не требует больших денег, это неправильно. Р.К. Это разве большие деньги?В.А. Конечно, три миллиона долларов – это большие деньги.Р.К. Для такой проблемы?В.А. Нет, наука не требует больших денег, идеи не требуют больших денег. Технологии – да. Мир идет по пути развития научных технологий только для того, чтобы приблизить их непосредственно к рынку, это стоит дорого. Но научные идеи и создание среды, в которой могли бы генерироваться научные идеи, это стоит недорого. И не надо пугать людей. А.Г. Но стоят достойного уровня жизни ученого.В.А. Абсолютно правильно, достойного уровня, но не жизни, а как вам сказать... Просто должна быть некая среда, в которой ты ощущал бы себя достойно. Вот собственно и все. Речь идет о среде. Ну, ладно, это, так сказать, детали...

Комменты:

blog comments powered by Disqus

Max_Evil

23.11.2004 12:59, 90 месяцев назад

Текст комментарияИз статьи В.А.Аветисова и В.И.Гольданского «Нарушение зеркальной симметрии и возникновение жизни»

Как это ни парадоксально, впечатляющие достижения молекулярной биологии привели к тому, что представления о факторах, способствующих возникновению жизни, стали еще более расплывчатыми. Конечно, сегодня можно утверждать, что жизнь зарождается в безжизненной органической среде, как только создаются необходимые условия. Это утверждение содержит в себе все, и в то же время ничего, поскольку неизвестно, какие именно условия являются необходимыми.

Какие же известные факты физики и химии могут помочь в поиске таких условий? Есть ли у живой материи некое особое свойство, которое осталось в наследство от самых ранних этапов эволюции, и которое могло бы послужить "точкой опоры" в построении научной картины зарождения жизни также, как "реликтовое излучение" служит в космологии критерием отбора стандартных моделей возникновения и эволюции Вселенной? К счастью, такое особое свойство есть - хиральная специфичность биологических структур и функций. Именно это свойство, называемое попросту хиральной чистотой или гомохиральностью, может быть положено в основу физического анализа проблемы возникновения жизни.

Что такое хиральная чистота? Величайший из "охотников за микробами" Луи Пастер (L.Pasteur) в возрасте двадцати пяти лет открыл явление, значимость которого может оказаться выше всех его замечательных работ по микробиологии, - диссимметрию биоорганических соединений.

Молекулы, в которых имеется асимметрический центр, например, атом углерода, связанный с четырьмя разными соседями, могут существовать в виде двух зеркально- антиподных, “диссимметричных”, как их назвал Пастер, конфигурациях, схожих и вместе с тем отличных друг от друга, как левая и правая перчатки, левая и правая ладони (рис. 1). Это "левые" (L - от латинского laeva) и "правые" (D - от латинского dextra) энантиомеры, характерное свойство которых - оптическая активность, способность вращать (соответственно влево или вправо) плоскости поляризации падающего на них света. Свойство зеркальной асимметрии, т.е. несовместимость в пространстве предмета и его зеркального отображения, получило название хиральности от греческого слова - hiros - рука.

При искусственном синтезе органических соединений в обычных лабораторных условиях получаются равные количества левых и правых молекул - так называемые рацемические смеси. Но в биоорганическом мире все гораздо сложнее. Еще Пастер, исследуя различные продукты жизнедеятельности организмов, обнаружил, что их растворы оптически активны, т.е. содержат один из зеркальных изомеров в избытке. Более того, используя рацемический раствор питательного субстрата Пастер показал, что бактерии выбирают только один энантиомер субстрата, оставляя другой в растворе. В результате он пришел к исключительно важному выводу о том, что молекулярная основа жизни не только хиральна, но и асимметрична.

Что же известно об этом сейчас, когда по крайней мере о достаточно простых организмах, например, бактериальных клетках, кажется, известно все, кроме, пожалуй, того, как они могли возникнуть?

Читатель, конечно, знаком с тем, что ДНК, РНК и белки- ферменты играют главную роль в самой впечатляющей и фундаментальной биологической функции - репликации клетки. Полимерные цепи, образующие двунитевую структуру ДНК, могут содержать миллионы нуклеотидных звеньев, похожие на них цепи РНК состоят из сотен и тысяч нуклеотидных звеньев и, наконец, цепи белков-ферментов состоят обычно из нескольких сотен аминокислотных звеньев. ДНК содержит всю информацию о том, из чего состоит клетка и что нужно делать, чтобы воспроизвести ее составляющие элементы, включая и саму ДНК, а все необходимые операции осуществляются ферментами. Роли ДНК и ферментов различны: ДНК - это информационные носители, а ферменты - это функциональные носители. Несколько особое место занимают РНК, которые осуществляют необходимые "посреднические" функции между ДНК и ферментами, а в некоторых случаях могут даже взять на себя выполнение обязанностей какой либо из этих двух сторон. Поэтому РНК могут проявлять себя как универсальные, в информационном и функциональном смысле, носители.

Однако с точки зрения хиральности, эти биополимеры обладают общим примечательным свойством - нуклеотидные звенья РНК и ДНК имеют только D-конфигурацию - включают исключительно D-рибозу и D-дезоксирибозу, а макромолекулы ферментов состоят только из L-энантиомеров аминокислот. Другими словами, ДНК, РНК и ферменты - гомохиральные полимеры. Это свойство главных биологических макромолекул не имеет исключений.

В отличие от сахаров в РНК и ДНК и аминокислот в белках- ферментах, другие хиральные компоненты клетки могут встречаться как в одной, так и в другой энантиомерной форме. В частности, в некоторых бактериях обнаружены даже L-сахара и D-аминокислоты - не в ДНК, РНК и ферментах конечно, а среди продуктов многочисленных биохимических превращений, происходящих в клетке. Поэтому биоорганический мир, если рассматривать его как целое, не вдаваясь в детали отдельных образующих его структур, не обнаруживает хиральной чистоты. Скорее напротив, каждый биологический вид имеет определенный "энантиомерный портрет", и в процессе репликации воспроизводятся не только конкретные органические соединения, но и их хиральные конфигурации. Это последнее свойство обусловлено тем, что ферменты, там где это необходимо, выполняют энантиоселективные функции - распознают энантиомеры хирального субстрата, как, например, в экспериментах Пастера по выращиванию бактерий на рацемических питательных средах, или осуществляют энантиомерный контроль хиральных органических соединений непосредственно в ходе их биосинтеза. Интересно отметить, что энантиомерный контроль осуществляется и на системном уровне: определенные группы ферментов выполняют "полицейские" функции, уничтожая "неприродные" энантиомеры, возникающие спонтанно, в процессе старения, либо под действием вредных экологических факторов, например, ионизирующего излучения.

В ходе биосинтеза таких ключевых макромолекул, как РНК, ДНК и белки-ферменты, энантиомерная конфигурация звеньев, включаемых в соответствующие полимерные цепи, контролируется очень точно (менее одной ошибки на миллиард звеньев). Однако, хотя биохимия клетки в целом подчинена тому, чтобы поставлять именно L-аминокислоты и D-нуклеотиды для строительства ключевых макромолекул, по мере удаления от "центра" метаболизма - механизма репликации информационных и функциональных носителей, к его "периферии" - своеобразной кухне по переработке поступающего извне разнообразного сырья, энантиомерная избирательность биохимических превращений падает. В результате биологическая активность органических соединений может зависеть не только от химической формулы соединения, но и от его изомерного состава. Фармакологи, например, прекрасно знают, что разные энантиомерные формы одного и того же лекарственного препарата могут привести к прямо противоположному результату при лечении.

Таким образом, можно выделить два важнейших аспекта хиральной специфичности биоорганического мира. Во-первых, структурный - это гомохиральность макромолекул, играющих ключевую роль в механизме биологической репликации. Звенья информационных и функциональных носителей имеют унифицированный для всего живого тип хиральности, а именно, РНК и ДНК содержат только D-нуклеотиды, а энзимы содержат только L-аминокислоты. Во-вторых, функциональный - это энантиоселективность функций, обеспечивающих репликацию гомохиральных цепей биологических макромолекул.

Итак, повторим, хиральная специфичность - неотъемлемое свойство живой природы, а воспроизведение и поддержание такой специфичности - одна из характернейших функций жизнедеятельности.

Но почему же все-таки мы считаем, что хиральная специфичность - древнейшее свойство и природа не могла обойтись без него уже на ранних этапах "конструирования" живого? Основа такой уверенности - эксперименты группы американских и голландских химиков по моделированию процессов образования "предков" ДНК и наш анализ процесса эволюции таких макромолекул, которые показали, что прежде, чем возникла основа жизни - самовоспроизводящиеся системы, должны были образоваться полимерные цепи, содержащие только один тип хиральных звеньев! Дело в том, что фрагмент полинуклеотидной цепи с "хиральным дефектом" - звеном с хиральной конфигурацией, отличающейся от конфигурации остальных звеньев в цепи, вообще не может воспроизводиться по правилу комплементарного соответствия звеньев исходной цепи и ее копии. Именно в этом принципиальное отличие хирального дефекта от генетической мутации, которая тоже нарушает комплементарное соответствие звеньев родительской ДНК и ее копии, однако при этом мутантная копия остается пригодной для построения точно таких же копий.

Но это еще не все. В отсутствие энантиоспецифических ферментов, способных точно распознавать хиральную конфигурацию звеньев в процессе сборки цепей, репликация (самовоспроизведение) гомохиральных полимеров может осуществляться только в хирально чистой среде. Как в детской игре в испорченный телефон, в рацемической среде рано или поздно будет утрачена любая, даже самая простая информация, записанная природой на полинуклеотидной цепочке.

Таким образом, для возникновения гомохиральных полимерных цепочек, способных самовоспроизводиться благодаря матричному копированию, требуются либо хиральная чистота того органического материала, из которого строятся такие цепи-матрицы, либо энантиоспецифические ферментативные функции, способные очень точно контролировать хиральную конфигурацию молекулярных фрагментов с тем, чтобы обеспечить сборку гомохиральных цепий независимо от энантиомерного состава окружающей среды. Вот почему хиральная специфичность биоорганического мира действительно древнейшее свойство - память о тех стадиях эволюции, которые, возможно, непосредственно предшествовали зарождению жизни.

Сценарий асимметричного зарождения жизни. Еще совсем недавно казалось, что нарушение зеркальной симметрии в ходе естественной эволюции добиологической органической среды невозможно. Это противоречило обычным представлениям о поведении химических систем, следуя которым система должна стремиться к состоянию с максимальной энтропией, максимальной хаотичности, и значит - к рацемической смеси.

В то же время в физике уже были хорошо известны разнообразные процессы, в которых упорядоченные состояния возникают скачкообразно и самопроизвольно, спонтанно. Мы часто сталкиваемся с ними в повседневной жизни, например, при кристаллизации, когда хаотическое распределение молекул в жидкости переходит в строго упорядоченную структуру кристалла. Важная особенность этих процессов заключается в том, что для перехода из разупорядоченного состояния в упорядоченное совсем не обязательно иметь какое то внешнее упорядочивающее воздействие. Как только в системе достигаются некоторые (критические) условия, беспорядочное состояние становится неустойчивым, и система самопроизвольно (спонтанно) переходит в упорядоченное состояние.

Похожие критические явления существуют в химии, биологии, экологии и даже социальной жизни. Более того, выяснилось, что они представляют собой один из естественных, и достаточно универсальных механизмов возникновения порядка из хаоса. Это оказалось настолько важно, что возникла специальная область науки - синергетика, которая изучает сложные взаимосвязи усиливающих друг друга процессов, приводящих к смене эволюционного развития системы скачкообразным изменением ее важнейших свойств и качеств. Новейшая история нашего государства тому ярчайший пример!

Универсальность синергетики вселяла надежду на то, что ее применение к проблеме возникновения жизни может, наконец, привести к существенному прогрессу. По мнению лауреата Нобелевской премии бельгийского ученого И.Пригожина, одного из создателей науки о скачкообразном самоупорядочении сложных химических систем, возникновение протобиологических структур в безжизненной среде могло быть именно таким процессом. Примерно в это же время, в начале восьмидесятых годов, российский ученый Л.Л.Морозов высказал еще более смелую мысль: главным следствием такого процесса должно было быть нарушение зеркальной симметрии органической среды, и, следовательно, зарождение жизни можно представить физической картиной фазового перехода с потерей зеркальной симметрии!

Опираясь на представления о самоорганизации химических систем на различных уровнях, от простых молекул до сложных полимерных цепей, мы попытались представить себе основные черты сценария асимметричного зарождения жизни. Схематичный набросок картины, в создании которой значительную роль сыграл и другой российский ученый - В.В.Кузьмин, получился таким.

Первый этап (мы опускаем этапы формирования самого космического объекта, на котором возникает жизнь) - образование и накопление аминокислот, сахаров, нуклеотидов и других органических молекул - строительных блоков важнейших биомолекул. На этом этапе органическое вещество возникало в виде рацемических смесей.

Следующий этап - спонтанное нарушение зеркальной симметрии и формирование хирально чистой среды. Образно говоря, в результате скачкообразного перехода остаются только левые аминокислоты и правые сахара, которые и ныне используются в составе биомолекул. Этот этап - отправная точка для последующей эволюции преджизненного состояния.

Полимерный захват хирально чистой органической среды, образование цепочек олигонуклеотидов - блоков будущих ДНК и РНК, и цепочек олигопептидов - заготовок для будущих белков, следующие кадры этого сценария. И вот здесь выясняется ключевая роль хиральной чистоты среды: уже на молекулярном уровне появляются такие структуры, которые способны к репликации и отбору.

На следующем этапе, в ходе эволюции таких гомохиральных структур, происходит еще одно важное событие: некоторые цепочки аминокислот (предки ферментов) начинают выполнять специальную функцию - блокируют возможность появления хиральных дефектов при репликации гомохиральных цепочек - олигополинуклеотидов (предков ДНК). В результате появления такой энантиоспецифической функции гомохиральные цепочки приобретают способность эволюционировать за счет репликации и отбора д. Так достигается первая ступень той лестницы саморазвития, которая ведет к сложным биологическим системам - возникает самоподдерживающийся и саморазвивающийся макромолекулярный мир, обладающий хиральной специфичностью.

Следующая ступень - еще один качественный скачок: уже могут образовываться связанные комплексы прото-ферментов и прото-ДНК, и в результате возникают простейшие модели сложнейшей машины самовоспроизведения биополимеров.

Это последние кадры той части сценария, которая относится к эволюции преджизненного состояния, эволюции предбиосферы. Следующая часть - собственно биологическая эволюция, от простейших протоклеток к человеку.

Так что же, загадка возникновения жизни решена?

Увы нет. Совсем недавно нами было показано, что при спонтанном нарушении симметрии степень хиральной чистоты среды зависит от точности, с которой взаимодействующие молекулы способны распознавать хиральную конфигурацию друг друга. Для достижения высокой степени чистоты требуется очень точное распознавание, а в добиологических, химических условиях, на уровне простейших органических молекул, она слишком мала. Поэтому на третьем шаге описанного выше сценария, в ходе полимерного захвата среды, будут возникать только очень короткие фрагменты гомохиральных цепей, не способные в дальшейшем стать протоферментами. Саморазвивающийся макромолекулярный мир, обладающий хиральной специфичностью, возникнуть в таких условиях не может.

Сейчас уже ясно, что в развитии науки о происхождении жизни наступает новый и очень интересный этап. Не только в этой области, но и в естественных науках в целом, ощущается то известное "критическое" состояние, за которым должно последовать развитие принципиально новых, универсальных представлений о возникновении порядка из хаоса. Возможно, именно они позволят, наконец, прийти к непротиворечивым представленим об эволюционной цепи, приведшей к возникновению жизни.

Из статьи В.А. Аветисова «Физические аспекты предбиологической эволюции: сложность, иерархичность, динамика».

"Не спрашивайте меня, что физика может дать биологии, спросите, что биология может дать физике".

Стэн Улам.

Интерес Виталия Иосифовича Гольданского к проблеме возникновения жизни был особый. Обсуждению физических и химических аспектов этой проблемы посвящены более полутора сотен работ, опубликованных им в течение почти сорока лет. Среди этого богатого научного наследия две темы были самыми, пожалуй, любимыми. Это концепция "холодной предыстории жизни", в развитие которой вклад Виталия Иосифовича трудно переоценить, и возникновение биологической гомохиральности - проблема, которая увлекла его еще в начале 60-х и не оставляла до последних дней его жизни.

Я остановлюсь здесь на этой, второй теме. Не потому, что она важнее или интереснее первой, а лишь по той простой причине, что с Виталием Иосифовичем мне посчастливилось работать более всего именно над ней, и еще потому, что эта работа привела нас к нетривиальным физическим задачам, как оказалось, совершенно общим в химической физике сложных систем. Историю этих исследований со всеми идеями, надеждами и разочарованиями можно проследить по серии обзоров, опубликованных В. И. Гольданским за последние 15 лет. В данной статье обсуждается лишь результат этой истории - задачи, к которым мы пришли размышляя о возникновении биологической гомохиральности, то, почему они нетривиальны, и где мы пытаемся искать пути их решения.

Биологическая гомохиральность. Вначале несколько слов о хиральности. Молекула называется хиральной, если ее пространственная конфигурация не инвариантна относительно зеркального отражения. Подавляющее большинство биоорганических соединений, в частности, аминокислоты, сахара и нуклеотиды - хиральны. Хиральная молекула имеет две зеркально антиподные пространственные конфигурации - левый (L) и правый (D) энантиомеры. С химической точки зрения L и D энантиомеры эквивалентны. Это обстоятельство имеет фундаментальную причину и обусловлено сохранением четности в электромагнитных взаимодействиях. Поэтому в химических процессах, протекающих в симметричных условиях, образуется равное количество L и D энантиомеров. В отличие от этого, в клетке синтезируется только одна энантиомерная форма органических соединений - либо L, либо D - в зависимости от соединения. Это характерное свойство биосинтеза обеспечивается высокой стереоселективностью ферментативного катализа. Например, при биосинтезе белков энантиомерная конфигурация аминокислот контролируется ферментами с точностью не ниже 10 в степени -4, а при репликации ДНК - не ниже 10 в степени -8.

Другое, тоже важное для темы данной статьи, понятие - гомохиральность. В этом случае речь идет о последовательности L и D энантиомеров в полимерной цепи, собранной из хиральных звеньев. Если имеется цепь длиной в N звеньев, то существует 2 в степени N различных L и D последовательностей. Среди множества всех этих последовательностей имеется две последовательности, у которых все звенья имеют одну и ту же энантиомерную конфигурацию – это последовательность только из L звеньев и последовательность только из D звеньев. Такие последовательности называются гомохиральными. Главные биополимеры - ДНК, РНК и белки - являются гомохиральными полимерами. Белки состоят только из L-аминокислот, а РНК и ДНК только из D-нуклеотидов.

Проблема возникновения биологической гомохиральности, по- существу, сводится к одному, и в самом деле очень непростому, вопросу - как возникли гомохиральные последовательности, сложность которых сопоставима со сложностью биополимеров.

Сложность. Чтобы ввести представление о том, что понимается под "сложностью биополимеров", сравним долю гомохиральных последовательностей длиной N (среди всех возможных L, D-последовательностей) c флуктуацией числа частиц в системах различного масштабами.

Пусть имеется система "лабораторного" масштаба состоящая из 10 в 24-й степени частиц (последовательностей). Тогда относительная доля гомохиральных цепей среди всех прочих (примерно 2 в степени N) будет порядка масштаба флуктуаций числа частиц в такой системе при N=40. Это означает, что если длина цепи не превышает нескольких десятков звеньев, то все возможные L,D-последовательности могут быть реализованы. Вопрос о возникновении гомохиральных последовательностей такой длины не содержит в себе физической проблемы, поскольку даже при равновероятном выборе энантиомерной конфигурации звена на каждом шаге сборки цепи, относительная доля гомохиральных цепей среди всех прочих будет не исчезающе мала.

Последовательности такой длины можно назвать структурами "химического уровня сложности". Среди таких структур, «запоминание случайного выбора» может осуществляться путем перебора всех возможных вариантов. Конечно, если речь идет о возникновении коротких, но специальных нуклеотидных последовательностей, например, способных к матричной репликации, то ряд "химических вопросов" остается, но не более того.

Возьмем теперь систему "космологического" масштаба с числом частиц порядка числа атомов углерода в Солнечной системе (примерно 10 в 50-й степени). Тогда относительная доля гомохиральных цепей среди всех прочих становится сопоставима с масштабом флуктуаций числа частиц при длине последовательностей N=80. Это означает, что вероятность возникновения гомохиральной цепи в 100 и более звеньев в результате неселективной сборки исчезающе мала. Кроме того, понятно, что подавляющая часть последовательностей длиной в пару сотен звеньев и более не может быть реализована в природе - просто потому, что даже вся Вселенная исчезающе мала для этого.

Этот уровень сложности можно назвать "биологическим". Не только потому, что белки, РНК и ДНК – это гомохиральные цепи длиной от нескольких сотен звеньев до миллионов звеньев. Но главным образом потому, что для сборки определенных последовательностей такой длины необходимы жестко заданные "алгоритмы" - специфические функции, способные осуществлять сборку с высокой точностью. По образному выражению Виталия Иосифовича Гольданского, химия живого - это "алгоритмическая химия", в отличие от обычной, "стохастической химии".

Конечно, то, что мы можем подразумевать под биологической эволюцией, должно принципиально отличаться от того, что мы понимаем под химической эволюцией.

Что такое "алгоритмическая химия"? При всей кажущейся неопределенности этого вопроса, вполне ясный ответ на можно найти в нескольких работах. Я остановлюсь здесь на одной из них - модели эволюции квазивидов по двум причинам. Это, пожалуй, самый яркий и поучительный пример эволюционной модели вполне общего положения, отражающий "дарвиновскую" парадигму отбора и "принципы самоорганизации" нелинейных диссипативных систем. И, кроме того, данная эволюционная модель вполне отвечает популярной сейчас концепции "эволюции РНК-мира".

Имеется три типа процессов. Первый – это копирование последовательностей Ii. Количество точных копий последовательности Ii , производимых в единицу времени, пропорционально вероятности точного копирования Wii= (p в степени N), где p - относительная вероятность точного копирования отдельного звена последовательности Ii. Здесь можно говорить о малых и больших "мутационных прыжках". Второй процесс – это деструкция последовательностей Ii . Bi –параметр скорости деструкции. Отметим, что величина, характреризующая "способность к выживанию" последовательности Ii и может быть названа "фитнесом квазивида Ii". Наконец, третий процесс представляет собой просто поток, вымывающий полимерные цепи из реакционного объема.

Теперь поясним, как в такой системе происходит отбор. Пусть имеется некоторый набор последовательностей с различным значением фитнесов. Пусть среди них имеется так называемая главная последовательность I «нулевое» с максимальным значением фитнеса. Предположим, что последовательности копируются абсолютно точно. Тогда сначала начнут расти концентрации тех последовательностей, фитнес которых выше среднего (по начальному распределению) значения фитнеса. Концентрации последовательностей с меньшим фитнесом будут уменьшаться. Это, в свою очередь, приведет к росту среднего значения фитнеса. В результате начнут вымываться последовательности с большим значением фитнеса и среднее значение фитнеса снова возрастет. Процесс последовательного вымывания последовательностей с все большими и большими значениями фитнеса будет продолжаться до тех пор, пока не останется главная последовательность I «нулевое» с максимальным значением фитнеса.

Рассмотрим теперь случай, когда копирование сопровождается ошибками. Тогда, помимо главной последовательности I «нулевое» будут «выживать» и другие последовательности. По мере уменьшения точности копирования, сначала будут "выживать" последовательности, отличающиеся от главной одной мутацией, затем двумя мутациями и т.д. Если точность копирования достаточно высока, то большинство последовательностей будут по- прежнему «вымываться» из объема и конечное распределение будет оставаться достаточно узким. Такой режим сохраняется до тех пор, пока вероятность мутационных прыжков на большие расстояния остается исчезающе малой.

Конечно с уменьшением точности копирования вероятность реализации "большого мутационного прыжка" в единичной копии растет. Главное, однако не в этом. Главное в том, что число способов реализации таких больших «прыжков» растет комбинаторно (экспоненциально) с ростом длины прыжка. Поэтому, если последовательности достаточно длинные, то даже небольшое уменьшение точности копирования одного звена может привести к катастрофическим последствиям. Начиная с некоторого уровня точности копирования, каждая последовательность будет продуцировать совершенно произвольные копии и любое начальное их распределение быстро превратится в биномиальное. В этом режиме система полностью теряет способность к отбору.

Переход в режим эволюции без отбора происходит настолько резко, что это явление было названо катастрофой ошибок. Отбор имеет место лишь до некоторого критического значения точности копирования pc, которое называется барьером ошибок. Заметим, что поскольку статистика ошибок при копировании подчинена биномиальному распределению, то (1-p)N есть среднее число ошибок в единичной копии длины N . Поэтому условие отбора имеет очень простой смысл - среднее число ошибок в единичной копии не должно превышать единицы.

Хотелось бы еще раз подчеркнуть, что это условие возникает не из-за значительного уменьшения точности копирования одного звена, а главным образом из-за экспоненциально большого числа путей реализации больших мутационных прыжков при копировании достаточно длинных цепей.

Данное условие может рассматриваться как своего рода критерий, отделяющий "алгоритмическую химию" от "стохастической химии".

Теперь я хотел бы изложить наше понимание того, в чем состоит проблема перехода от "стохастической химии" к "алгоритмической химии".

Контуры проблемы. Наше видение проблемы основано на предположении, что катастрофа ошибок является естественным атрибутом не только биологической эволюции, но, что принципиально, и предбиологической эволюции. Как показывают оценки, ярко выраженная катастрофа ошибок имеет место уже для последовательностей длиной примерно 50 звеньев. Помимо всех прочих "химических" проблем, природе приходилось решать еще один важный вопрос – как быть с катастрофой ошибок при копировании последовательностей от десятков звеньев до нескольких сотен звеньев.

В рамках концепции отбора имеется только один рецепт решения этой проблемы: уже на предбиологической стадии, эволюция информационных структур (последовательностей) в направлении возрастания их сложности должна поддерживаться специфическими функциями. Разумеется, мы не считаем бессмысленным продолжать поиск "простейших" структур, способных выполнять такие функции. Это направление "эволюционной мысли" продолжает оставаться традиционным, а с традициями нужно обращаться бережно. Однако нам представляется, если угодно, более интересным исследовать совершенно другое направление. Мы подозреваем, что решение проблемы предбиологической эволюции скрыто в самой природе динамики сложных системы, в большей степени, чем в специфичности тех или иных химических превращений.

Почему динамика сложных системы столь привлекательна? Прежде всего потому, что именно здесь возникает иерархичность - тот тип организации, который является совершенно общим для биологических систем.

В самом общем виде, задача может быть сформулирована в виде простого вопроса. Как описать иерархическую динамику сложной системы, когда возможны как малые, так и большие "мутационные прыжки". Можно ли при этом, сохранять и передавать информацию, или она быстро теряется? Интерес к такой задаче в последнее время проявляется совершенно явный. Однако все, что пока сказано по этому поводу, состоит из качественных рассуждений. Развитие аналитических моделей, пригодных для описания иерархической динамики сложных систем, является сейчас главной целью наших исследований.

Контуры задач. Чтобы описать эволюцию сложной системы в пространстве последовательностей, необходимо, как и в модели эволюции квазивидов, каждой последовательности приписать некоторое значение фитнеса. Эта характеристика играет в эволюционных моделях роль, аналогичную энергии в физических системах. Различие лишь в том, что физическая система стремится к состояниям с минимумом энергии, а эволюционная система стремится к состояниям с максимумом фитнеса.

Задав значения фитнесов для каждой последовательности мы можем построить некоторую поверхность фитнесов в многомерном пространстве последовательностей. Такую многомерную поверхность называют ландшафтом фитнесов. В этих терминах, предбиологическую эволюцию можно описать некоторым случайным процессом, характер которого определяется структурой многомерного ландшафта фитнесов.

Какие ландшафты фитнесов следует выбрать? Кажется естественным исходить из предположения, что на предбиологическом этапе эволюции значения фитнесов определялись большим числом случайных факторов. В этом случае ландшафт фитнесов можно генерировать случайным алгоритмом. При этом оказывается, что число максимумов на таких случайных многомерных ландшафтах исключительно велико. Для пространств последовательностей размерности N>>1, включающих 2 в степени N состояний, число максимумов оказывается порядка 2 в степени aN, где a - немногим меньше единицы. Таким образом, возникает задача о случайном блуждании на экстремально пересеченных ландшафтах, с огромным числом "пиков" и "впадин".

Примечательно, что с подобными ландшафтами (только энергетическими) сталкиваются в стеклах, кластерах, макромолекулах и биополимерах. Исследование свойств сильно пересеченных многомерных ландшафтов, исследование динамики систем, характеризующихся такими ландшафтами является сейчас едва ли не самым актуальным направлением в физике сложных систем. И именно в этих исследованиях был найден тот "ключ", который открывает "нужную дверь" на пути построения теории динамики сложных систем. Оказалось, что локальные энергетические минимумы на сильно пересеченных многомерных ландшафтах обладают примечательным свойством. Они группируются в своего рода "кластеры" различных масштабов, вложенные друг в друга иерархическим образом. Иерархический порядок оказывается единственно возможным в условиях "конфликта интересов", присущего сложным системам.

Несколько заключительных замечаний. Важным элементом теории предбиологической эволюции, как нам представляется, могут оказаться модели возникновения и развития иерархического типа организации. Построение таких моделей трудная, и пока не решенная задача. Не вполне ясны даже те принципы, которые можно было бы положить в основу соответствующих теоретических конструкций. В действительности, эта задача является центральной во многих областях, где исследуется динамика сложных систем, в частности, в проблеме фолдинга белка. В этом смысле, возможно, процесс фолдинга белка можно рассматривать как прототип процесса предбиологической эволюции.

Можно ли моделировать биологическую эволюцию в терминах "блуждания на многомерных иерархических ландшафтах фитнесов"? Окончательного ответа пока тоже нет. Добиться прогресса в развитии теоретических методов исследования подобных моделей удалось только в самое последнее время. Окажется ли это достаточным, чтобы получить ответы на подобные вопросы, покажет ближайшее будущее.

Библиография

Аветисов В. А., Гольданский В. И. Физические аспекты нарушения зеркальной симметрии биоорганического мира// Успехи физических наук. 1996. № 166.

Аветисов В. А., Гольданский В. И. Нарушение зеркальной симметрии и возникновение жизни/Наука и человечество. М., 1997.

Гольданский В.И., Кузьмин В.В. Спонтанное нарушение зеркальной симметрии в Природе и происхождение жизни// Успехи физических наук. 1989. № 157 (1).

Гутина В.Н., Кузьмин В.В. Теория молекулярной диссимметрии Л. Пастера/История и современность. М., 1990.

Морозов Л.Л. Несохраняющаяся четность в молекулярном мире организмов//Природа. 1977. №1.

Avetisov V. A., Goldanskii V. I., Kuzmin V. V. Handedness, Origin of Life and Evolution//Physics Today. 1991. № 44.

Avetisov V.A. Biomolecular homochirality emergence: complexity, hierarchicity and Dynamics/Fundamental of Life/Eds. L. Gaglioti, G. Palyi, C. Zucchi. Amsterdam; Elsevier, 2001.

Bonner W.A. Chirality and Life//Origins of Life and Evolution of the Biosphere. 1993. № 25.

Keszthelyi L. Origin of the homochirality of biomolecules// Quarterly Reviews of Biophysics. 1995. № 28 (4).

Kostyanovsky et al. Resolution of racemates with achiral reagents//Mendeleev Communications. 2000. № 3.

Kostyanovsky et al. Chiral drugs via the spontaneous resolution// Mendeleev Communications. 2002. № 1.

Morozov L.L. Mirror symmetry breaking in biochemical evolution// Origins of Life. 1979. № 9.